Bilimsel Komite Türk Çocuk Ürolojisi Derneği yıllık kongrelerinin bilimsel programının oluşturulmasından ve yürütülmesinden, Türk Çocuk Ürolojisi Derneği adına yapılan tüm bilimsel ve sürekli tıp eğitimi etkinliklerinin planlama, standardizasyonu ve eşgüdümünden sorumludur. Dernek yönetim kurulu üyesi bir başkan olmak üzere toplam üç dernek üyesinden oluşur.
Bu görevlerini yerine getirirken özellikle eğitim toplantılarıın organizasyonunda eğitim komisyonu ile koordine çalışır. Çalışma gruplarının bilimsel çalışmalarını koordine eder. Çalışma gruplarında yapılacak çok merkezli çalışmaların koordinasyonu ve finansmanı için gerekli çalışmaları yönetim kurulu bilgisi dahilinde sürdürür.
Bilimsel komite her kongre hazırlığında her kongre için gereğinde ek üyeler davet ederek kendi bünyesinde bir kongre komitesi oluşturur. Kongre Komitesi bilimsel komitenin çalışmalarına katkıda bulunmak, gönderilen bildirilerin değerlendirilmesi ve bilimsel programın oluşturmasında çalışır. Yönetim Kurulunca önerilen yer, tarih ve ana politikaları dikkate alarak her iki yılda bir Türk Çocuk Ürolojisi Kongrelerini düzenler. Kongrenin pratik organizasyonu, kaynak bulumu ve kongrenin başarılı bir şekilde organize edilmesinden Yönetim Kuruluna karşı sorumludur.